Fundado en junio de 1941. En el mes de abril de 1946 se abrió provisionalmente el tráfico civil y el 9 de mayo del mismo año una orden ministerial estableció un servicio aéreo para viajeros y mercancías. Todo el personal que entró a formar parte del aeropuerto era militar. Se marcaron dos pistas para vuelos. El 14 de septiembre con el propósito de enlazar por vía aérea una nueva isla, los servicios de la compañía Iberia se transformaron en la línea Tenerife-Canarias-Fuerteventura-Lanzarote. Con esta nueva línea se incrementaron los vuelos semanales y la capacidad de los aviones Ju-52 a 22 plazas de 4 que inicialmente se ocupaban. El mantenimiento de las pistas y edificios se llevó a cabo por el Cabildo Insular. En 1951 se ampliaron las instalaciones. En 1952 se sustituyeron por Iberia los aviones Ju-52 por los Douglas DC-3 debido a las malas condiciones de las pistas de aterrizaje. En 1958 el Cabildo Insular se vio obligado a aportar dinero para el asfaltado de las pistas de aterrizaje. Debido al aumento en la demanda de pasajeros, Iberia se vio obligada a aumentar el número de vuelos semanales a uno diario. En la década de los años 60 empezó el despegue turístico de Lanzarote, con un gran incremento procedente de Las Palmas y Tenerife, operando con compañías como Aviaco, Tassa y Spantax. En esta década se llevó a cabo una modernización y ampliación. El 3 de marzo de 1970 se consiguió abrir el aeropuerto de Lanzarote al tráfico civil nacional e internacional. La compañía Braather Safe, con un avión B-737, procedente de Oslo, transportó 118 pasajeros por primera vez desde el extranjero hasta Lanzarote. Durante todo este tiempo se estuvo trabajando para completar todas las calles de rodaje y la ampliación del estacionamiento. En 2018 el Gobierno canario decidió que se denominará César Manrique, en honor al artista canario. Ese año el aeropuerto registró un tráfico de 7.327.019 pasajeros. El número de operaciones fue de 60.955 y el tráfico de mercancías superó las 1.600 toneladas.