La historia de este aeropuerto se remonta al 28 de junio de 1910, fecha en la que, por primera vez un avión surcó los cielos de Mallorca. El piloto, Lucien Mamet inauguró así la historia de la aviación mallorquina. Tuvieron que pasar 6 años para que Salvador Hedilla realizase el primer vuelo Barcelona-Palma con un avión Vendome, en el que invirtió dos horas. En 1920 el piloto francés Greco realizó el primer vuelo internacional, volando desde Perpiñán a Palma y en 1921 el empresario José Tous Ferrer fundó la compañía Aero Marítima, con base en Es Jonquet, integrada por una flota de hidroaviones Junkers, que se mantuvo hasta 1923, dando lugar a la primera escuela de pilotos de hidroavión, con base en Portocolom. En 1935 la compañía LAPE (Líneas Aéreas Postales Españolas), antecesora de Iberia, inició su actividad en Son Sant Joan con vuelos regulares, que enlazaban Mallorca con Madrid y Valencia, mediante trimotores Fokker VII, pero el estallido de la Guerra Civil puso fin a su actividad y el campo de vuelo quedó reservado a operaciones militares, hasta el 15 de junio de 1939, en que Iberia inauguró la línea Barcelona-Palma, quedando convertido Son Bonet en el aeropuerto de la Isla, unas instalaciones que permanecieron operativas hasta el 18 de julio de 1960, cuando el tráfico aéreo pasó a Son Sant Joan, dada la imposibilidad de atender la creciente demanda del antiguo aeródromo. El continuo crecimiento del tráfico obligó a las autoridades aeroportuarias a introducir importantes mejoras en el recinto, inaugurando en 1987 la nueva torre y centro de control y la segunda pista. Diez años después, el 12 de abril de 1997, el entonces ministro de Fomento, Rafael Arias Salgado, inauguró el nuevo edificio, casi tres años y medio después de iniciadas las obras. Es el tercer aeropuerto de España en cuanto a volumen de tráfico de personas. En el año 2018, Son Sant Joan cerró el ejercicio con un total de 29.081.787 pasajeros, 220.329 operaciones y 10.018 toneladas de mercancías.